Journals Manager’s documentation¶

Usage guides¶

Glossary¶

Acronym

Enter in this field the acronym of the journal, max 8 characters length, in capital letter or not. It must be unique comparing to the other titles. It is used for the name of the folder in which are saved all the files related to the journal (markup, body, images, etc) and also used for the prefix to the sections code of the journal.

Alphabet

Enter data in this field the alphabet of the Original Title of the journal title.

Center

Code which identifies the center responsible for the creation of the bibliographic records.

Code

help... (session)

Collections

Select the collections to which the journal belong.

Controlled Vocabulary

Enter in this field the controlled vocabulary used to the key words

Editorial Standard

Standard used to the bibliographic references presentation. This content is related to the Markup program.

Electronic Address

Enter in this field the e-mail address of the publication, used in the process of publication. DO NOT USE PERSONAL e-mails. This information is presented in the foot page of the site.

Fax Number

Fax Number

Final Date

Enter the date of the last issue of the journal in ISO format (year in 4 digits, month 2 digits, day in 2 digits).

Examples:

Final date: Jan./Mar. 1974 = 19740100
Final date: 1987 = 19870000
Final date: Sept. 1988 = 19880900

Final Number

Enter the final number in arabic numerals.

Examples:

Final number: 7
Final number: 10

Final Volume

Number of the last published volume of the serial. Enter the final volume in arabic numerals.

Examples:

Final volume: 10
Final volume: 12

Frequency

Code which identifies the intervals of time in which the issues of the serial are published.

Indexing

Database – Select the database in which the title is indexed.

Examples:

IM - Index Medicus

LL - LILACS

IL - Index Medicus Latino Americano

EM - Excerpta Medica

BA - Biological Abstracts

SP - LILACS-SP

Initial Date

Enter the date of the first issue of the journal in ISO format (year in 4 digits, month 2 digits, day in 2 digits).

Examples:

Initial date: Jan./Mar. 1974 = 19740100
Initial date: 1987 = 19870000
Initial date: Sept. 1988 = 19880900

Initial Number

Enter the initial number in arabic numerals.

Examples:

Initial number: 1
Initial number: 2

Initial Volume

Enter the initial volume in arabic numerals. Omit this information for serials which do not include clear information on the volume.

Examples:

Initial volume: 1
Initial volume: 4

Institution Name

help...

Is Available?

help...

Is manager of the collection?

help...

Is provider of the marked files?

help...

Issue Bibliographic Strip

help...

Issue Number

help...

Issue Publication Date

help...

Issue Publisher Fullname

help...

Issue Section

help...

Issue Title

help...

Issue Total of documents

help...

Issue Use Licence

help...

Issue Volume

help...

Journal Title

Main title or title proper of the serial, in the language and form in which it appears.

Examples: a) Publication title: British journal of surgery

Publication title: Journal of pediatrics
Publication title: Pediatrics (London)
Publication title: Pediatrics (New York)
Publication title: Abboterapia (English ed.)
Publication title: Abboterapia (Spanish ed.)

udy Area Select one or more subjects related to the journal. The site uses this content to presents the journal title in the site in the list by subject.

Literature Type

Type of literature

Mission

Enter in this field the mission of the journal in English, Spanish and Portuguese. This is used in the home page of the journal.

Examples: a) Misión: To publish the results of original research which contribute significantly to knowledge in medical and biological sciences

b) Misión: La revista publica contribuciones originales de investigadores de todo el mundo en las áreas de parasitología, microbiología, medicina tropical, así como estudios básicos en bioquímica, inmunología, biología celular y molecular, fisiología, y genética relacionados con esas áreas

National Code

Code which identifies the title in the national system of serials of each country (or its equivalent) with the purpose of facilitating the transfer of data between this and other related systems. Enter in this field the code assigned by the institution responsible for the national system of serials of each country (or its equivalent).

Examples:

National Code: 001060-X (Code assigned by the Brazilian National Union List)
National Code: 00043/93

Notes

Enter in this field, in free style, all information of interest to the Center about the serial.

Parallell Titles

Enter parallel titles in accordance with the sequence and typography in which they appear on the title page or its substitute, according to ISBD(S) rules. In case of more than one parallel title, enter them in the sequence which appears on the title page, separated by ENTER (one by line).

Examples:

Publication Title: Archives of toxicology / Parallel Title: Archiv fur Toxikologie
Publication Title: Arzneimittel Forschung / Parallel Title: Drug research

Phone Number

Phone Number

Previous title

Previous title in the language and form in which it appears.

xt Languages Languages in which the articles are published, including the translations. This field is related to the presentation of all the full texts of the site.

pyrighter Copyrighter

Examples:

Brazilian Journal of Medical and Biological Research
Sociedade Brasileira de Genética
Instituto Universitário de Pesquisas do Rio de Janeiro
Revista Brasileira de Ciências Sociais

Print ISSN

help...

Publication Level

help...

Publication Status

Date and status which identify the changes of the journal status in the collection. Date must be in ISO format YYYYMMDD. Status can be:

Ceased: journal will not be published any more.

Current: journal published currently.

Suspended: journal is no longer according to collection´s criteria. In the future it can become current.

Publisher

Name of the publisher and/or issuing body of the serial.

Enter the name of the: publisher responsible for the serial as it appears in the publication.

When the publisher is the same as the issuing body, it is not necessary to repeat it in this field, except when it is indispensable for purposes of acquisition. In case of more than one publisher, enter the first one that appears on the publication or the one that coincides with the place of publication.

Examples:

Publisher: Pergamon Press
Publisher: Plenum Press

Publisher’s Address

help...

Publisher’s City

Enter the name of the city in full in the language in which it appears in the publication. When the title appears in more than one language, enter the city in the language of the title proper. When it is not possible to determine the place of edition and/or publication of the serial, enter the abbreviation s.l.

Examples:

Place of publication: Port of Spain
Place of publication: London
Place of publication: s.l

Publisher’s Country

Country of the Publication

Publisher’s State

State/Province – Enter in this field the location in the country of the publication, but not the city or town.

Examples:

State/Province: SP
State/Province: RJ

SciELO ISSN

Enter the current ISSN. It can be different or equal to the ISSN used as ID, but it is usually the online ISSN.

ort Title Enter the abbreviated title respecting the upper case letters, lower case letters and accentuation of the corresponding language, according to ISO standard 4-1984 and List of serial title word abbreviations.

This field is mandatory for titles indexed in LILACS and/or MEDLINE.

Examples:

Publication title: West Indian medical journal / Abbreviated title: West Indian med. j.
Publication title: Abboterapia (English ed.) Abbreviated title: Abboterapia (Eng. ed.)
Publication title: Pediatrics (London) Abbreviated title: Pediatrics (London)

SECS Code

Enter in this field the number assigned by BIREME which identifies the title in SeCS (Health Science Serials) database. Mandatory field for Cooperating Centers which input data to SeCS database. This field is used by the system to generate the holding files which are to be transfered to SeCS database.

This field must be entered if SECS is recorded in Field 040; Related Systems.

Examples:

SECS Number: 2
SECS Number: 4

Short Title

Enter the abbreviated title respecting the upper case letters, lower case letters and accentuation of the corresponding language, according to the standard.adopted by the journal.

Sponsor

help...

Subject / Descriptors

Standard terms used for the subject representation of the serial being described. Terms must be entered in capital letters. Cooperating Centers of BIREME System should use terms taken from DeCS (Descriptors in Health Science). In case of more than one descriptor, enter them in sequence, separating them by ENTER, an item by line. Enter a maximum of 4 descriptors.

Examples:

Descriptors: OCCUPATIONAL MEDICINE
Descriptors: PEDIATRICS
Descriptors: NEUROLOGY PEDIATRICS
Descriptors: GYNECOLOGY OBSTETRICS

Subtitle

Any information subordinate to the title proper which completes it, qualifies it or makes it more explicit. Enter in this field only the information defined as subtitle, with the intent that this information will be useful for the correct identification of the title. Enter other variant forms of the title (extended title, cover title, etc.) in specific fields accordingly.

Example:

Publication Title: MMWR / Subtitle: morbidity and mortality weekly report

Title Category

help...

Treatment Type

help...

URL of main collection

Enter the URL of the main collection site. If the journal is published in SciELO Brazil, then www.scielo.br

URL of online submission

Enter the URL of the submission site

URL of the journal

If the journal is published in another site, enter in this field the other site location

Use License

help...

User name

help

User Subscription

Identifies how to access to the articles by subscription. Select the corresponding code: sub; regular subscription reg; electronic registration na; not available, no hay subscription

Validated

help...

About this project¶

Development guides¶

Technical guides and artifacts explaining software components and design decisions.

Visão geral da arquitetura¶

Contexto do sistema¶

Componentes¶

Nginx: Servidor web que recebe as requisições dos usuários, via HTTP, e as repassa para a aplicação;
Chaussette: Servidor de aplicação;
SciELO Manager - Django App (a aplicação): Coleção de componentes e implementações de regras de domínio de negócios e fluxo de trabalho que dão suporte à gestão dos catálogos de periódicos;
RabbitMQ: Contém tarefas para os processos “trabalhadores” - Workers;
Elasticsearch: Contém o índice de busca para os registros de artigos;
Ativos digitais: Os ativos digitais relacionados aos artigos são armazenados no sistema de arquivos, e seus metadados no banco de dados relacional;
Banco de dados: É onde todos as entidades relevantes ao domínio da aplicação estão armazenadas de maneira persistente;
Thriftserver: Mecanismo de comunicação inter-processos entre sistemas do backend, baseado em Apache Thrift;
Celeryd: Workers para a execução de tarefas assíncronas;
Celerybeat: Workers para a execução de tarefas agendadas;
Healthd: Daemon que coleta os status de disponibilidade dos pontos de integração da aplicação, como serviços de backend, bancos de dados etc. É a primeira parte de um componente que funciona como um “disjuntor”.

Exportação para bases ISIS do SciELO¶

Objetivo¶

Essa documentação tem como objetivo documentar os requisitos necessários para criar uma rotina de exportação dos metadados inseridos no SciELO Manager para o formato de bases de dados atual do SciELO.

Antecedentes¶

O projeto SciELO no início utilizou como definição de metadados a metodologia LILACS da BIREME. A metodologia LILACS se caracteriza pela capacidade de permitir o amarzenamento de diversos tipos de documentos, neste sentido, na época, a ferramenta desenvolvida para gestão de títulos e fascículos da SciELO teve como premissa, contemplar todas características de metadados da metodologia LILACS.

Durante os 15 anos de operação da SciELO foi possível detectar pelas equipes de produção e desenvolvimento de aplicativos que boa parte dos campos não erão utilizados por não se encaixarem nas características de metadados de periódicos.

Para a nova versão da ferramenta de gestão de periódicos, considerando as características dos metadados inseridos na coleção nos últimos 15 anos, foi decidido junto com a equipe de gestão e publicação de conteúdo avaliar quais eram os metadados realmente necessários para a metodologia SciELO.

Introdução¶

As bases de dados ISIS geradas pelo Title Manager são utilizadas em dois pontos do processo de publicação da SciELO, são eles: processo de marcação e processamento para inclusão de conteúdo.

Processamento para inclusão de conteúdo¶

Atualmente o SciELO possui um processamento (geraPadrao.bat) para inclusão de novas revistas, fascículos e artigos na coleção. Esse processamento recebe como entrada um conjunto de bases de dados, são elas: artigo, issue, code, title.

As bases code, title e issue são únicas para todo o processamento, significa que uma base de dados com todo o conteúdo de título, outra com todo conteúdo de code e outra com todo conteúdo de issues são geradas e gravadas em um diretório chamado serial gerando a seguinte estrutura de dados de entrada para o processamento.

serial/
serial/title
serial/title/title.mst
serial/title/title.xrf
serial/code
serial/code/newcode.mst
serial/code/newcode.xrf
serial/issue
serial/issue/issue.mst
serial/issue/issue.xrf

Para criação da base de dados de artigos são criadas diversas pequenas bases que representam cada fascículo do periódico. Essas bases de dados são gravadas seguindo a seguinte estrutura de dados de entrada para o processamento.

serial/
serial/bjmbr
serial/bjmbr/v40n5
serial/bjmbr/v40n5/v40n5.mst
serial/bjmbr/v40n5/v40n5.xrf
serial/bjmbr/v40n5/base
serial/bjmbr/v40n5/base/v40n5.mst
serial/bjmbr/v40n5/base/v40n5.xrf
serial/bjmbr/v41n1
serial/bjmbr/v41n1/v41n1.mst
serial/bjmbr/v41n1/v41n1.xrf
serial/bjmbr/v41n1/base
serial/bjmbr/v41n1/base/v41n1.mst
serial/bjmbr/v41n1/base/v41n1.xrf
serial/rpsp/v10n1
serial/rpsp/v10n1/v10n1.mst
serial/rpsp/v10n1/v10n1.xrf
serial/rpsp/v10n1/base
serial/rpsp/v10n1/base/v10n1.mst
serial/rpsp/v10n1/base/v10n1.xrf

Em resumo, significa que o processo de exportação de bases do SciELO Manager para ISIS deve gerar essa estrutura de arquivos como entrada para o processamento de inclusão de novos conteúdos na coleção. Mais a frente será tratada a estrutura de dados dessas bases de dados.

Processo de Marcação¶

O processo de marcação de metadados de artigos nas SciELO é feito através da ferramenta Markup, que corresponde a um aplicativo VBScript embutido no Word para identificar os elementos dos artigos. Esse plugin do Word consulta algumas bases de dados ISIS geradas pela Title Manager para complementar a identificação de elementos no texto do artigo, como por exemplo:

Identificação de seções dos fascículos (base code)

A exportação de dados da ferramenta SciELO Manager deve gerar as bases de dados utilizadas pelo Markup e gravá-las seguindo a seguinte extrutura de dados.

/serial
/serial/code
/serial/code/newcode.mst
/serial/code/newcode.xrf

Em resumo, significa que o processo de exportação de bases do SciELO Manager para ISIS deve gerar essa estrutura de arquivos como entrada para o processo de marcação. Mais a frente será tratada a estrutura de dados dessas bases de dados.

Arquivos textos para ferramenta de Markup

Alguns arquivos texto também são gerados como entrada de dados para ferramenta de marcação, são eles:

automata.mds
Formato:
ISSN;<tag_citat>;<acron>.amd;tg<norma>.amd
Onde:

<tag_citat> é tag da citação, podendo ser:

ocitat para other

vcitat para vancouver

acitat para abnt

icitat para iso

pcitat para apa

<norma> é um dos valores, podendo ser:

other (other standard)

vancouv (the vancouver group - uniform requirements for manuscripts submitted to biomedical journals)

apa (American Psychological Association)

nbr6023 (nbr 6023/89 - associação nacional de normas técnicas)

iso690 (iso 690/87 - international standard organization)

Valores utilizados no arquivo automata.mds

icitat

acitat

ocitat

vcitat

pcitat

Valores utilizados no arquivo LANGUAGE_issue.mds

iso 690/87 - international standard organization

nbr 6023/89 - associação nacional de normas técnicas

other standard

the vancouver group - uniform requirements for manuscripts submitted to biomedical journals

American Psychological Association

Valores utilizados para o arquivo journal_standart.txt

iso690

nbr6023

other

vancouv

apa

Exemplo:
0044-5967;ocitat;aa.amd;tgother.amd
0102-3306;ocitat;abb.amd;tgother.a,d
0102-8650;ocitat;acb.amd;tgother.amd
1413-7852;ocitat;aob.amd;tgother.amd
0103-2100;vcitat;ape.amd;tgvanc.amd
issue.mds
Formato:
linha 1: Braz. J. Microbiol. v.41 n.4  # Legenda do número
linha 2: mes inicial/mes final
linha 3: issue order (v64 + v36)
linha 4: em branco
linha 5: em branco
Exemplo:
Braz. J. Microbiol. v.41 n.4
Jan/Mar
20031


Rev. Saúde Pública  n.ahead pr 2010
Oct/Dec
20032
en_issue.mds, pt_issue.mds e es_issue.mds
Formato:
linha 1: Braz. J. Microbiol. v.41 n.4  # Legenda do número
linha 2: título abrev;vol;suplvol;num;suplno;dateiso;issn;status
linha 3: seções separadas por ponto-e-virgula
linha 4: código das seções separadas por ponto-e-virgula
linha 5: vocabulario controlado
linha 6: norma
linha 7: em branco
Exemplo:
Rev. Saúde Pública  n.ahead pr 2010
Rev. Saúde Pública;;;ahead;;20100000;0034-8910;1
No section title
nd
Health Science Descriptors
the vancouver group - uniform requirements for manuscripts submitted to biomedical journals

Rev. Bras. Psiquiatr.  n.ahead 2010
Rev. Bras. Psiquiatr.;;;ahead;;20100000;1516-4446;1
No section title
nd
Health Science Descriptors
the vancouver group - uniform requirements for manuscripts submitted to biomedical journals

Braz. J. Microbiol. v.41 n.4
Braz. J. Microbiol.;41;;4;;20101200;1517-8382;1
No section title
nd
No Descriptor
other standard

Rev. Inst. Med. trop. S. Paulo v.52 n.4
Rev. Inst. Med. trop. S. Paulo;52;;4;;20100800;0036-4665;1
Case Report;Animal Envenomation;Malaria;Parasitology;Review;Editorial;Microbiology;Leishmaniasis;Bacteriology;Book Review;No section title
RIMTSP014;RIMTSP021;RIMTSP070;RIMTSP090;RIMTSP110;RIMTSP200;RIMTSP280;RIMTSP350;RIMTSP580;RIMTSP780;nd
No Descriptor
other standard
journal_standard.txt

Arquivo CSV com atributos separado por #

Onde esta “print|online” deve ser indicado apenas um dos valores de acordo com o tipo de ISSN usado na SciELO.

Formato:
issn_id#título abreviado#norma#print|online#issn_atual#area temática#título Medline#codigo medline#título completo#acron#print_issn#online_issn
Exemplo:

Requisitos da Exportação¶

Estrutura de dados¶

Título¶

Fascículo¶

Fascículos Especiais (Press Release, Ahead, Review in Progress)

Ficou definido que para esses tipos de fascículos não será feita nenhuma mudança de modelo devido à característica do campo Number e Volume que pode receber qualquer tipo de conteúdo para identificar um fascículo.

Considerando que esse conteúdo é livre não caberá normalização.

A regra de negócio para esses dados será a seguinte:

Informação de número especial “es/esp”, único “unico”, composição de números “10-14”, números compostos de letras “1a, 1b”, etc, deverão ser inseridas no próprio campo Number que será de preenchimento livre. Cabe ao documentalista garantir a integridade entre a sequencia de números no SciELO e a sequencia de números da revista.
Ahead, Review, Press Release, não mais serão criados pelo SciELO Manager, será considerado que todos periódicos possuem um único Ahead, Review, Press Release. Cabe ao processo de exportação gerar esses fascículos especiais para cada periódico e tratar a apresentação do mesmo no site público caso algum artigo seja marcado como pertencente a um desses fascículos especiais.
Campo v6 representa numeração sequencial de fascículos de um periódico, esse campo não deve ser considerado na exportação pois é gerado pelo processamento SciELO.
Campos 65 e 64 devem ser construidos utilizando o ano de publicação YYYY concatenado com o mês final de publicação “publication_end_month”. MM e precedido de 00 para o caracteres que representam o dia

Ex: 20100300

Artigo¶

Code¶

Remoção de Campos desnecessários¶

De acordo com reunião realizada em 27 de março alguns campos no contexto da SciELO não serão mais cosiderados pelo SciELO Manager, entretanto para manter a compatibilidade com a atual estrutura de dados os valores deste campo serão inseridos nas bases de dados de forma automática pois seus valores sempre foram os mesmos durante os 15 anos de operação do SciELO.

Issue¶

Title¶

Later Title

Será controlado automaticamente pelo campo “título anterior”. Deve ser mantido na exportação para compatibilidade.

Center (v10)

Excluído da aplicação. Não precisa ser mantido para compatibilidade. Tem relação com o centro reponsável pela marcação de um documento.

Final Volume (v305)

Excluído da aplicação. Não precisa ser mantido para compatibilidade.

Final Number (v304)

Excluído da aplicação. Não precisa ser mantido para compatibilidade.

Alphabet (v340)

Excluído da aplicação. Não precisa ser mantido para compatibilidade.

Literature Type (v5)

Excluído da aplicação. Deve ser cravado o valor “S” para manter compatibilidade.

Treatment Level (v6)

Excluído da aplicação. Deve ser cravado o valor “Collective Level” para manter compatibilidade.

País de Publicação (v310)

Excluído da aplicação. Não precisa ser mantido para compatibilidade, esses dados são repetidos no campo address

Estado de Publicação (v320)

Excluído da aplicação. Não precisa ser mantido para compatibilidade, esses dados são repetidos no campo address

Cidade de Publicação (v490)

Excluído da aplicação. Não precisa ser mantido para compatibilidade, esses dados são repetidos no campo address

Classificação (v430)

Excluído da aplicação. Não precisa ser mantido para compatibilidade.

Número de identificação (v30)

Excluído da aplicação. Não precisa ser mantido para compatibilidade.

URL Site SciELO (v690)

Excluído da aplicação. Não precisa ser mantido para compatibilidade.

Rede SciELO (v691)

Excluído da aplicação. Era utilizado como flag de coleções para processamento de geração de bases, quando mais de uma coleção compartilha mesma base title no site local. Resolver este problema criando instalações independentes para cada coleção SciELO, ex: Brasil e Saúde Pública.

Foram encontradas ocorrências do campo v691 no arquivo sci_serial.xis entretanto parece não estar em uso uma vez que faz referência a arquivos template (ScieloXML/collections.xis) que não estão atualizados.

É suplemento de (v560)

Excluído da aplicação. Não precisa ser mantido para compatibilidade.

É suplemento de (v550)

Excluído da aplicação. Não precisa ser mantido para compatibilidade.

Código Medline (v420)

Excluído da aplicação. Não precisa ser mantido para compatibilidade.

Apenas 17 periódicos possuem este código hoje. Segue lista de referência para implementação futura deste campo:

Anais da Academia Brasileira de Ciências - 45A
Arquivos Brasileiros de Endocrinologia & Metabologia - 0403437
Arquivos Brasileiros de Oftalmologia - 0400645
Arquivos de Gastroenterologia - 8TR
Brazilian Dental Journal  - 9214652
Brazilian Journal of Medical and Biological Research - BOF
Memórias do Instituto Oswaldo Cruz - MRY
Physis: Revista de Saúde Coletiva - 9440484
Revista Brasileira de Biologia - RGH
Revista Brasileira de Parasitologia Veterinária - 9440482
Revista Gaúcha de Enfermagem - 15712799
Revista Latino-Americana de Enfermagem - 9420934
Revista da Associação M?dica Brasileira - BR5
Revista da Sociedade Brasileira de Medicina Tropical - RET
Revista do Hospital das Clínicas - S3L
Revista do Instituto de Medicina Tropical de São Paulo - S9D
São Paulo Medical Journal - SZ5

Título Abreviado Medline (v421)

Excluído da aplicação. Não precisa ser mantido para compatibilidade. Importado como other titles para compor bibliometria e afins.

Apenas 29 periódicos possuem este dado na base de dado. Segue lista de renferência para implementação futura deste campo:

Anais da Academia Brasileira de Ciências - An Acad Bras Cienc
Arquivos Brasileiros de Cardiologia - Arq Bras Cardiol
Arquivos Brasileiros de Endocrinologia & Metabologia - Arq Bras Endocrinol Metabol.
Arquivos Brasileiros de Oftalmologia - Arq Bras Oftalmol.
Arquivos de Gastroenterologia - Arq Gastroenterol
Arquivos de Neuro-Psiquiatria - Arq Neuropsiquiatr
Brazilian Dental Journal  - Braz Dent J
Brazilian Journal of Biology - Braz J Biol.
Brazilian Journal of Infectious Diseases - Braz J Infect Dis
Brazilian Journal of Medical and Biological Research - Braz J Med Biol Res
Brazilian Oral Research - Braz. oral res
Cadernos de Saúde Pública - Cad Saude Publica
Clinics - Clinics
International braz j urol - int j urol
Memórias do Instituto Oswaldo Cruz - Mem Inst Oswaldo Cruz
Pesquisa Odontológica Brasileira - Pesqui Odontol Bras.
Physis: Revista de Saúde Coletiva - Physis
Revista Brasileira de Biologia - Rev Bras Biol
Revista Brasileira de Parasitologia Veterinária - Rev Bras Parasitol Vet
Revista Gaúcha de Enfermagem - Rev Gaucha Enferm.
Revista Latino-Americana de Enfermagem - Rev Lat Am Enfermagem
Revista da Associação Médica Brasileira - Rev Assoc Med Bras
Revista da Sociedade Brasileira de Medicina Tropical - Rev Soc Bras Med Trop
Revista de Saúde Pública - Rev Saude Publica
Revista do Hospital das Clínicas - Rev. Hosp. Clin. Fac. Med. Univ. São Paulo
Revista do Instituto de Medicina Tropical de São Paulo - Rev Inst Med Trop São Paulo
São Paulo Medical Journal - São Paulo Med J

FTP (v66)

Excluído da aplicação. Não precisa ser mantido para compatibilidade.

Assinatura do usuário (v67)

Excluído da aplicação. Não precisa ser mantido para compatibilidade.

Seção (130)

Excluído da aplicação. Não precisa ser mantido para compatibilidade. Nunca foi usado

How to deal with help texts¶

Help texts are used at form field level to, like the name suggests, help the user recognize and enter data in a desired format. There are cases where we expect data conforming certain standards, like ISO, and we found to be proper to offer a more sophisticated help description for these fields.

We decided to separate help texts in two levels: The Short and the Detailed description versions.

Short Description¶

The help texts that users will see next to form fields.

In order to edit, remove or add new short descriptions, follow the steps:

Edit <app>/helptexts.py;
Search for the block of help definitions you will deal with. Blocks are grouped by the model class name;
Follow the naming convention for the help text identifier: CLASSNAME__FIELD_NAME (classname in uppercase, plus double underscores, plus the attribute name the text refers to in uppercase)

Example:

#models.JournalParallellTitles.form

JOURNALPARALLELTITLES__FORM = _("""Enter parallel titles in accordance with the sequence and
  typography in which they appear on the title page or its substitute.""")

Detailed Description¶

When a more detailed level of information is needed, we must follow the steps:

Create a Short Description for the given help text;
Edit docs/en/glossary.rst and add a new definition entry. See ReSTQuickRef for more details about the syntax.
Push to the project’s main repository and the documentation will be built automagically.

Template Tag¶

Uses the custom template tag {% load scielo_common %}. This tag lives inside a package called: scielo-django-extensions, and you can install it using pip.

In order to add the help widget, you need to use the field_help django template tag:

{% field_help <label> <help_text> <glossary-term> %}

Example, for the title field would be:

{% field_help add_form.title.label add_form.title.help_text term-title %}

SciELO Importação XML¶

DTD Pubmed Central Version3: http://dtd.nlm.nih.gov/publishing/tag-library/3.0/n-qdc2.html.

Front¶

Body¶

Back¶

Tag: <ref>

Tipos possíveis no atributo Publication-Type:

journal
book
confproc
thesis
software
database
webpage
patent
report
newspaper

Publication-Type: Journal

Tipos possíveis no atributo person-group-type da tag person-group:

allauthors
assignee
author
compiler
director
editor
guest-editor
inventor
transed
translator

Tipos possíveis no atributo pub-id-type da tag pub-id:

art-access-id
coden
doaj
doi
manuscript
other
pii
pmcid
pmid
publisher-id
sici

Tipos possíveis no atributo content-type da tag date-in-citation:

epub
updated
acess-date

Campos comuns entre os tipos:

<ref id="{id}">
  <label>{label}</label>
  <element-citation publication-type="">
    <name>
      <surname>{surname}</surname>
      <given-names>{given-names}</given-names>
      <suffix>{suffix}</suffix>
      <prefix>{prefix}</prefix>
    </name>
    <string-name>
      <surname>{surname}</surname>
      <given-names>{given-names}</given-names>
      <suffix>{suffix}</suffix>
      <prefix>{prefix}</prefix>
    </string-name>
    <person-group person-group-type="">
      <name>
        <surname>{surname}</surname>
        <given-names>{given-names}</given-names>
      </name>
      <string-name>
        <surname>{surname}</surname>
        <given-names>{given-names}</given-names>
        <suffix>{suffix}</suffix>
        <prefix>{prefix}</prefix>
      </string-name>
      <collab>{collab}</collab>
      <etal/>
    </person-group>
    <collab>{collab}</collab>
    <etal>{etal}</etal>
    <source>{source}</source>
    <year>{year}</year>
    <month>{month}</month>
    <season>{season}</season>
    <day>{day}</day>
    <fpage>{fpage}</fpage>
    <lpage>{lpage}</lpage>
    <issue>{issue}</issue>
    <page-range>{page-range}</page-range>
    <comment>{comment}</comment>
    <date-in-citation content-type="">{epub}</date-in-citation>
    <element-citation>{element-citation}</element-citation>
    <comment>
          <uri>{uri}</uri>
          <ext-link ext-link-type="uri" xlink:href="{url_value}">{url}</ext-link>
    </comment>
    <pub-id pub-id-type="">{doi}</pub-id>
    <ext-link ext-link-type="uri" xlink:href="{url_value}">{url}</ext-link>
    </element-citation>
</ref>

Exemplo da estrutura do XML da referência tipo Journal:

<ref id="{id}">
    <article-title>{article-title}</article-title>
    <publisher-loc>{publisher-loc}</publisher-loc>
    <volume>{volume}</volume>
    <issue-part>{issue-part}</issue-part>
    <supplement>{supplement}</supplement>
    <pub-id pub-id-type="">{pmid}</pub-id>
</ref>

Exemplo da estrutura do XML da referência tipo Book:

<ref id="{id}">
    <person-group person-group-type="author">
      <aff>{aff}</aff>
      <anonymous>{annonymous}</anonymous>
    </person-group>
    <chapter-title>{chapter-title}</chapter-title>
    <trans-source>{trans-source}</trans-source>
    <publisher-loc>{publisher-loc}</publisher-loc>
    <publisher-name>{publisher}</publisher-name>
    <series>{series}</series>
    <size units="page">{size}</size>
    <isbn>{isbn}</isbn>
</ref>

Exemplo da estrutura do XML da referência tipo Confproc:

<ref id="{id}">
    <article-title>{article-title}</article-title>
    <part-title>{part-title}</part-title>
    <conf-name>{conf-name}<conf-name/>
    <conf-date>{conf-date}</conf-date>
    <conf-loc>{conf-loc}</conf-loc>
    <trans-source>{trans-source}</trans-source>
    <publisher-loc>{publisher-loc}</publisher-loc>
    <publisher-name>{publisher-name}</publisher-name>
    <series>{series}</series>
    <size units="page">{size}</size>
    <isbn>{isbn}</isbn>
</ref>

Exemplo da estrutura do XML da referência tipo Thesis:

 <ref id="{id}">
    <person-group person-group-type="author">
      <aff>{aff}</aff>
      <anonymous>{anonymous}</anonymous>
    </person-group>
    <chapter-title>{chapter-title}</chapter-title>
    <trans-source>{trans-source}</trans-source>
    <part-title>{part-title}</part-title>
    <publisher-loc>{publisher-loc}</publisher-loc>
    <publisher-name>{publisher-name}</publisher-name>
    <series>{series}</series>
    <size units="page"/>
    <isbn>{isbn}</isbn>
    <pub-id pub-id-type="">{pmid}</pub-id>
</ref>

Exemplo da estrutura do XML da referência tipo Software:

<ref id="{id}">
    <element-citation publication-type="">
        <edition>{edition}}</edition>
        <publisher-loc>{publisher-loc}</publisher-loc>
        <publisher-name>{publisher-name}</publisher-name>
        <year>{year}</year>
    </element-citation>
</ref>

Database:

Todos as tags utilizadas nesse tipo estão no XML comun.

Webpage:

Todos as tags utilizadas nesse tipo estão no XML comun.

Exemplo da estrutura do XML da referência tipo Webpage:

<ref id="{id}">
  <element-citation publication-type="">
      <patent country="{country}">{country}</patent>
  </element-citation>
</ref>

Exemplo da estrutura do XML da referência tipo Report:

<ref id="{id}">
  <element-citation publication-type="">
      <chapter-title>{chapter}</chapter-title>
      <series>{source}</series>
      <publisher-loc>{publisher-loc}</publisher-loc>
      <publisher-name>{publisher-name}</publisher-name>
  </element-citation>
</ref>

Exemplo da estrutura do XML da referência tipo Newspaper:

<ref id="{id}">
  <element-citation publication-type="">
      <series>{series}</series>
      <article-title>{article-title}</article-title>
      <publisher-loc>{publisher-loc}}</publisher-loc>
      <publisher-name>{publisher-name}</publisher-name>
  </element-citation>
</ref>

Documento com os campos que são utilizados na bibliometria:

Enviado em 18/12/2012 por Rogério Mugnaini: Bibliometria Campos.

Middlewares¶

ThreadLocalMiddleware¶

Torna o objeto request visível por toda a aplicação, por meio de variável com escopo de thread (threading.local).

Para instalar, a linha à seguir deve ser incluída na diretiva MIDDLEWARE_CLASSES, do arquivo settings.py:

scielomanager.utils.middlewares.threadlocal.ThreadLocalMiddleware

À partir desse momento, o objeto request de qualquer requisição pode ser acessado por meio da função scielomanager.utils.middlewares.threadlocal.get_current_request() e, o usuário corrente por meio da função scielomanager.utils.middlewares.threadlocal.get_current_user().

Esse middleware viabiliza a operação do maquinário de obtenção do contexto da requisição do usuário (scielomanager.utils.usercontext).

Note

Thread local scope! Este middleware manipula o scopo global da thread ativa, fazendo uso do nome _request.

Model Managers¶

São objetos capazes de produzir querysets de tipos de entidades com base em filtros e restrições pré definidas.

UserObjectManager¶

Módulo: scielomanager.journalmanager.modelmanagers

São model managers atrelados ao contexto do usuário ativo, e só devem ser utilizados durante o ciclo de vida de request/response.

O seu objetivo é de facilitar a realização de consultas ao banco de dados respeitando as restrições de acesso em que o usuário ativo está sujeito, e aumentar a expressividade sintática das consultas.

Cada objeto de modelo cujo acesso pelo usuário deve estar condicionado às regras de visibilidade da aplicação, por exemplo a coleção ativa, deve prover um model manager chamado userobjects, de acordo com o seguinte protocolo:

Subclasse de `models.Manager`¶

get_query_set Retorna uma subclasse de models.query.QuerySet
all Retorna todos os objetos acessíveis pelo usuário ativo
active Retorna um subconjunto de all, apenas com os objetos da coleção ativa

Subclasse de `models.query.QuerySet`¶

all Retorna todos os objetos acessíveis pelo usuário ativo
active Retorna todos os objetos da coleção ativa
startswith (opcional) Retorna todos os objetos cujo primeiro caractere casa com o especificado. É útil para classificação de listas e necessidades de apresentação
simple_search (opcional) Realiza uma pesquisa simples em 1 ou mais campos. Aceita apenas 1 string como termo de busca.
available Retorna todos os objetos não marcados como excluídos (is_trashed=False)
unavailable Retorna todos os objetos marcados como excluídos (is_trashed=True)

User Access Level¶

Librarian¶

Grupo de usuários criado para gestão da maioria das funcionalidades do Journal Manager, tais como: Gestão de periódicos, fascículos, seções, instituições, usuário, status da revista, etc.

auth | user | Can add user
auth | user | Can change user
auth | user | Can delete user
journalmanager | ahead press release | Can add ahead press release
journalmanager | ahead press release | Can change ahead press release
journalmanager | collection | Can change collection
journalmanager | collection | Can list Collections
journalmanager | issue | Can add issue
journalmanager | issue | Can change issue
journalmanager | issue | Can delete issue
journalmanager | issue | Can list Issues
journalmanager | issue title | Can add issue title
journalmanager | issue title | Can change issue title
journalmanager | issue title | Can delete issue title
journalmanager | journal | Can add journal
journalmanager | journal | Can change journal
journalmanager | journal | Can delete journal
journalmanager | journal | Can list Journals
journalmanager | journal mission | Can add journal mission
journalmanager | journal mission | Can change journal mission
journalmanager | journal mission | Can delete journal mission
journalmanager | journal publication event | Can add journal publication event
journalmanager | journal publication event | Can change journal publication event
journalmanager | journal title | Can add journal title
journalmanager | journal title | Can change journal title
journalmanager | journal title | Can delete journal title
journalmanager | language | Can add language
journalmanager | language | Can change language
journalmanager | language | Can delete language
journalmanager | pended form | Can change pended form
journalmanager | press release | Can add press release
journalmanager | press release | Can change press release
journalmanager | press release | Can list PressReleases
journalmanager | press release article | Can add press release article
journalmanager | press release article | Can change press release article
journalmanager | press release translation | Can add press release translation
journalmanager | press release translation | Can change press release translation
journalmanager | press release translation | Can delete press release translation
journalmanager | regular press release | Can add regular press release
journalmanager | regular press release | Can change regular press release
journalmanager | section | Can add section
journalmanager | section | Can change section
journalmanager | section | Can delete section
journalmanager | sponsor | Can add sponsor
journalmanager | sponsor | Can change sponsor
journalmanager | sponsor | Can delete sponsor
journalmanager | sponsor | Can list Sponsors

Technician¶

Grupo de usuários criado para acesso as funcionalidades que fazem parte do trabalho diário dos técnicos de marcação e produção do SciELO, tais como: Gestão de fascículos e seções.

journalmanager | ahead press release | Can add ahead press release
journalmanager | ahead press release | Can change ahead press release
journalmanager | issue | Can add issue
journalmanager | issue | Can change issue
journalmanager | issue | Can delete issue
journalmanager | issue | Can list Issues
journalmanager | issue title | Can add issue title
journalmanager | issue title | Can change issue title
journalmanager | issue title | Can delete issue title
journalmanager | journal | Can list Journals
journalmanager | press release | Can add press release
journalmanager | press release | Can change press release
journalmanager | press release | Can list PressReleases
journalmanager | press release article | Can add press release article
journalmanager | press release article | Can change press release article
journalmanager | press release translation | Can add press release translation
journalmanager | press release translation | Can change press release translation
journalmanager | press release translation | Can delete press release translation
journalmanager | section | Can add section
journalmanager | section | Can change section
journalmanager | section | Can delete section
journalmanager | section | Can list Sections

Outsourced Technician¶

Grupo de usuários criado para acesso as funcionalidades que fazem parte do trabalho diário dos técnicos e empresas terceirizadas que realizam marcação e produção de conteúdos, tais como: Gestão de fascículos e seções.

journalmanager | collection | Can list Collections
journalmanager | issue | Can add issue
journalmanager | issue | Can change issue
journalmanager | issue | Can delete issue
journalmanager | issue | Can list Issues
journalmanager | issue title | Can add issue title
journalmanager | issue title | Can change issue title
journalmanager | issue title | Can delete issue title
journalmanager | journal | Can list Journals
journalmanager | section | Can add section
journalmanager | section | Can change section
journalmanager | section | Can delete section
journalmanager | section | Can list Sections

Trainee¶

Grupo de usuários criado para acesso as funcionalidades que fazem parte do trabalho diário dos técnicos e empresas terceirizadas que realizam marcação e produção de conteúdos, tais como: Gestão de fascículos e seções sem permissão de exclusão de fascículos.

journalmanager | collection | Can list Collections
journalmanager | issue | Can add issue
journalmanager | issue | Can change issue
journalmanager | issue | Can list Issues
journalmanager | journal | Can list Journals
journalmanager | press release | Can list PressReleases
journalmanager | section | Can add section
journalmanager | section | Can change section
journalmanager | section | Can delete section
journalmanager | section | Can list Sections

Editors¶

Grupo de usuários criado para acesso as funcionalidades que fazem parte da gestão de conteúdos de um periódico por parte de um Editor, tais como: highlights, news, pressreleases, corpo editorial, informação institucional, etc.

journalmanager | ahead press release | Can add ahead press release
journalmanager | ahead press release | Can change ahead press release
journalmanager | journal | Can list editor Journals
journalmanager | press release | Can add press release
journalmanager | press release | Can change press release
journalmanager | press release | Can list PressReleases
journalmanager | press release article | Can add press release article
journalmanager | press release article | Can change press release article
journalmanager | press release translation | Can add press release translation
journalmanager | press release translation | Can change press release translation
journalmanager | press release translation | Can delete press release translation
journalmanager | regular press release | Can add regular press release
journalmanager | regular press release | Can change regular press release

Journals Manager’s documentation¶

Usage guides¶

Glossary¶

About this project¶

Development guides¶

Visão geral da arquitetura¶

Contexto do sistema¶

Componentes¶

Exportação para bases ISIS do SciELO¶

Objetivo¶

Antecedentes¶

Introdução¶

Processamento para inclusão de conteúdo¶

Processo de Marcação¶

Requisitos da Exportação¶

Estrutura de dados¶

Título¶

Fascículo¶

Artigo¶

Code¶

Remoção de Campos desnecessários¶

Issue¶

Title¶

How to deal with help texts¶

Short Description¶

Detailed Description¶

Template Tag¶

SciELO Importação XML¶

Front¶

Body¶

Back¶

Middlewares¶

ThreadLocalMiddleware¶

Model Managers¶

UserObjectManager¶

Subclasse de models.Manager¶

Subclasse de models.query.QuerySet¶

User Access Level¶

Librarian¶

Technician¶

Outsourced Technician¶

Trainee¶

Editors¶

Indices and tables¶

Subclasse de `models.Manager`¶

Subclasse de `models.query.QuerySet`¶